Администрация гороского округа Пущино является исполнительно-распорядительным органом местного самоуправления этого наукограда.
Наделена полномочиями по решению вопросов местного значения и полномочиями для осуществления отдельных государственных полномочий, переданных органам местного самоуправления федеральными законами и законами Московской области.
Осуществляет свою деятельность в соответствии с законодательными и нормативными правовыми актами Российской Федерации и Московской области, Уставом города, правовыми актами главы города Пущино и Положением о городской администрации.
Руководит городской администрацией ее глава, на принципах единоначалия. С 2010 года этот пост занимает Иван Савинцев.
