Федеральная служба по надзору в сфере транспорта осуществляет специальные разрешительные, контрольные и надзорные функции, возложенные в соответствии с законодательством РФ на органы Российской транспортной инспекции, федеральный орган исполнительной власти в области транспорта (федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий государственное управление в транспортном комплексе), федеральный орган исполнительной власти в области дорожного хозяйства, федеральный орган исполнительной власти в области железнодорожного транспорта, специально уполномоченный орган в области гражданской авиации (федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области гражданской авиации) и государственную речную судоходную инспекцию;
Руководитель Федеральной службы по надзору в сфере транспорта является главным государственным транспортным инспектором РФ, а работники Федеральной службы по надзору в сфере транспорта в зависимости от вида транспорта, в области которого они осуществляют контрольные и надзорные функции, обладают установленными законодательством РФ правами и полномочиями соответственно государственных ревизоров специальной службы федерального органа исполнительной власти в области железнодорожного транспорта (ревизоров по безопасности движения поездов федерального органа исполнительной власти, уполномоченного в области железнодорожного транспорта) и должностных лиц государственной речной судоходной инспекции.
