История вуза началась в 1906 году. Тогда в Москве были организованы Женские курсы. Затем их преобразовали во 2-й Московский государственный университет, из которого в 1930 году выделился самостоятельный 2-й Московский государственный медицинский институт, получивший в 1956 году имя великого русского хирурга и анатома Николая Ивановича Пирогова (1810-1881 гг.)
5 ноября 1991 года распоряжением Совета Министров РФ 2-й МОЛГМИ им. Н.И Пирогова был преобразован в Российский государственный медицинский университет.
В 2011 году приказом Министерства здравоохранения и социального развития РФ Российский государственный медицинский университет переименован в Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова.
В Университете действую 8 учебных факультетов, а также факультет повышения квалификации, факультет дополнительного профессионального образования, а также управление послевузовского профессионального образования.
