Московский театр "Новая Опера" основан в 1991 году. Это начинание было осуществлено художественным руководителем Евгением Колобовым (1946—2003) и мэром Москвы Юрием Лужковым.
В том самом году Колобов, работавший главным дирижером столичного музыкального театра им. Станиславского и Немировича-Данченко, ушел оттуда из-за творческих разногласий. Вместе с ним покинули театр целиком весь оркестр и часть труппы. При поддержке Лужкова была создана "Новая Опера", а Колобов стал ее главным дирижером и художественным руководителем.
На первых порах, пока у театра не было своей площадки, оперы ставились в концертном исполнении. В 1997 году "Новая Опера" получила здание в саду "Эрмитаж". В репертуре преобладали неизвестные в России оперные партитуры - "Двое Фоскари" (Верди), "Мария Стюарт" (Доницетти), "Валли" (Каталани), - и собственные редакции опер "Евгений Онегин" Чайковского, "Травиата" Верди.
В 2000 году на премьере "Риголетто" заглавную партию исполнял Дмитрий Хворостовский.
В 2003 году Евгений Колобов умер. В 2005 году для постановки оперы Беллини "Норма" были приглашены немецкие режиссеры Йосси Виллер и Серджио Морабито. Спектакль имел в столице шумный успех. В марте 2006 года главным дирижером театра становится народный артист СССР Эри Клас, который вносит в репертуар спектакли с комическими оттенками ("Волшебная флейта" Моцарта, "Любовный напиток" Доницетти, "Севильский цирюльник" Россини, "Джанни Скикки" Пуччини, "Летучую мышь" Штрауса).
В последнее время театр начинает предлагать концертные исполнения часто исполнявшихся, но сейчас невостребованнных в России опер: "Трубадур", "Князь Игорь", "Орлеанская дева" и т. д.
С 2005 года ежегодно проходит Международный фестиваль "Крещенская неделя в Новой Опере", посвященный Евгению Колобову, который родился 19 января в Крещение.
С 2006 года театр носит его имя.
В репертуаре - более 70-ти произведений оперного и концертного жанров.
Помимо этого, оркестр театра выступает на лучших концертных площадках России с симфоническими программами: в Большом зале Московской консерватории, Концертном зале им. П. И. Чайковского, в зале Санкт-Петербургской филармонии. Со своими гастролями оркестр посетил Испанию, Португалию, Германию. А совместно с Имперским Русским Балетом -Турцию, Финляндию. В 2001 году оркестр принял участие в спектаклях Лос-Анджелесской оперной труппы "Дон Жуан" В. А. Моцарта и "Саломея" Р. Штрауса на Савонлиннском оперном фестивале в Финляндии.
Для "Новой Оперы" характерен современный подход к сценографии и режиссуре. Театр сотрудничает с известными мастерами в области театрального искусства для создания спектаклей разных направлений и стилей: это режиссеры Сергей Арцибашев, Владимир Васильев, Валерий Белякович, Михаил Ефремов, Роман Виктюк, Юрий Грымов, Андрейс Жагарс и др.
С "Новой Оперой" работают выдающиеся мастера музыкальной культуры: дирижеры Юрий Темирканов, Эри Клас, Гинтарас Ринкявичус, Дэниель Липтон; инструменталисты Элисо Вирсаладзе и Николай Петров, Татьяна Сергеева (фортепиано), Наталья Гутман (виолончель), финский джазмен Антти Сарпила (кларнет, саксофон); оперные певцы Хосе Кура, Пласидо Доминго, Марио Франгулис, Дмитрий Хворостовский (около 10 совместных выступлений), Любовь Казарновская, Анастасия Волочкова и Марина Поплавская; греческий композитор Микис Теодоракис, а также солисты нью-йоркской афроамериканской оперной труппы Эбони-Опера.
