Тувинский государственный университет ведет свою историю с 1951 года, когда Совет министров СССР в ответ на просьбу Тувинского обкома КПСС издал распоряжение об открытии в городе Кызыле Учительского института и строительстве учебного корпуса.
В институте было открыто два отделения – физико-математическое и филологическое – с планом приема на каждое отделение по 50 человек. С 1 сентября 1956 года на базе Учительского института был открыт Кызылский педагогический институт, первоначально с двумя факультетами: филологический и физико-математический. Постепенно педагогический институт стал расширяться.
Решением правительства РФ в 1996 году на базе Кызылского государственного педагогического института, Кызылского филиала Красноярского государственного технического университета, Кызылского филиала Красноярского государственного аграрного университета и Кызылского педагогического училища был создан Тувинский государственный университет. Его ректором в данный момент является Ондар Сергей Октяевич.