Работает в производственном объединении "Севмаш" с 1977 года. Трудовую биографию начал в стапельном цехе 50. Работал учеником слесаря-монтажника, слесарем-монтажником.
В 1978-1984 гг. - мастер монтажных работ в крупнейшем стапельном цехе.
В 1984-1987 гг. - старший мастер монтажных работ.
В 1987-1991 гг. – начальник участка электрооборудования.
В 1991-1993 гг. - заместитель начальника цеха по производству.
В 1993-1997 гг. – начальник производственно-диспетчерского отдела.
В 1997 году назначен заместителем генерального директора ФГУП "ПО "Севмаш" – начальником производства продукции технического назначения и товаров народного потребления.
В 2007 году стал первым заместителем генерального директора ОАО "ПО "Севмаш" по производству – начальником производственно-диспетчерского отдела.
С мая 2012 года – первый заместитель генерального директора предприятия.
С октября 2012 года назначен генеральным директором ОАО "ПО "Севмаш".
Михаил Будниченко награжден медалью "300 лет Российскому флоту" (1996), орденом "За заслуги перед Отечеством" II степени (1999), знаком "За заслуги перед Северодвинском" (2009), имеет звания "Заслуженный машиностроитель РФ" (2004), "Почетный судостроитель" (2009).