Сергей Леонидович Диденко родился в семье военнослужащего. В 1981 году окончил Ленинградское суворовское военное училище.
В 1985 г. окончил Харьковское гвардейское высшее танковое командное училище.
С 1985 г. по 1994 г. проходил службу на различных командных должностях в Министерстве обороны РФ.
В 1994 г. окончил Военную академию бронетанковых войск имени Р.Я. Малиновского. В том же году переведен в МЧС России и назначен на должность начальника мобилизационной группы штаба по делам ГОЧС Белгородской области.
В 1995 г. принимал участие в боевых действиях в Чеченской республике.
С 1997 г. по 2000 г. являлся начальником штаба, а затем начальником управления по делам ГОЧС города Шебекино (Белгородская область).
В 2000-2006 гг. занимал должность первого заместителя начальника главного управления МЧС России по Белгородской области.
С 2006 г. по 2008 г. был заместителем директора департамента тыла и вооружения МЧС России.
В 2008 г. назначен первым заместителем начальника Приволжского регионального центра МЧС России.
С июля 2011 г. возглавляет департамент гражданской защиты МЧС России.
Воинское звание - генерал-лейтенант.
Награжден орденом Дружбы и рядом ведомственных наград.
Женат, есть две дочери.