Родился в 1330 году в северо-западном пригороде Парижа. После смерти родителей переезжает в столицу Франции.
Становится владельцем книжной лавки — успешного дела.
В 1382 году в течение нескольких месяцев становится собственником около 30 домов и участков земли. В старости разбогатевший алхимик занимается меценатством, учреждает несколько фондов, вкладывает деньги в развитие искусства, финансирует постройки часовен и больниц.
В 1402 году умирает Перренелль, жена Фламеля. Сам Фламель умирает предположительно в 1418 году, предварительно купив себе место для погребения в церкви Сен-Жак-ля-Бушери.
После их смерти возникает легенда о том, что Фламель предсказывал свою смерть и тщательно к ней готовился, похороны были инсценированы, а книготорговец со своей женой скрылся. Легенда объясняла немалый возраст супругов секретным рецептом эликсира жизни, который удалось найти Фламелю.