Родился 19 февраля 1473 года на севере Польши.
В 1491 году поступил в Краковский университет, где изучал математику, медицину и богословие, но особенно его привлекала астрономия.
Для продолжения образования Коперник уехал в Италию (1497) и поступил в Болонский университет, где имел возможность продолжить заниматься наукой о космических телах.
В 1512 году умер его дядя-епископ, и Коперник переехал во Фромборк, где все это время числился каноником, и приступил к своим духовным обязанностям. Научные исследования он не бросил.
В начале 1500-х приступает к главному научному труду в своей жизни, определяя новую модель планетарной системы.
На протяжении последующих лет занимался медициной (как врач боролся с чумой 1519 года), экономическими реформами (новая монетная система Польши), инженерной деятельностью (гидравлическая машина для подачи воды в одном из польских городов).
Умер 24 мая 1543 года