Евгений Александрович Рогожин родился в 1947 году.
В 1971 г. с отличием окончил геологический факультет Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова по специальности "геологическая съемка и поиски месторождений полезных ископаемых". Одновременно с обучением работал лаборантом, старшим лаборантом, затем инженером в Институте минералогии, геохимии и кристаллохимии редких элементов.
После окончания аспирантуры Института физики Земли имени О.Ю. Шмидта Академии наук СССР в 1974 г. защитил кандидатскую диссертацию, посвященную вопросам происхождения складчатости Южного Тянь-Шаня.
С 1974 г. по настоящее время работает в Институте физики Земли имени О.Ю. Шмидта Российской академии наук. Занимал должности младшего, старшего, ведущего научного сотрудника, заведующего лабораторией, заведующего отделением, заместителя директора по науке.
В 1990 г. защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора геолого-минералогических наук на тему "Тектоника очаговых зон сильных континентальных землетрясений (на примере юга СССР и западного Средиземноморья)".
С 2001 г. занимает должность заместителя директора по научной работе Института физики Земли РАН.
Является профессором кафедры динамической геологии геологического факультета МГУ.
Автор или соавтор более 250 публикаций, в том числе шести монографий.
Лауреат премии правительства РФ.