Префектура Юго-Восточного административного округа является подведомственным правительству Москвы территориальным органом исполнительной власти города. Осуществляет контрольную, координирующую и исполнительно-распорядительную деятельность на территории округа.
В частности, префектура ЮВАО обладает полномочиями решать ряд вопросов в области землепользования, градостроительства и окружающей среды. Осуществляет государственный контроль за индивидуальными предпринимателями и юридическими лицами. В соответствии с Генеральным планом Москвы составляет прогнозы развития отраслей.
ЮВАО выступает в роли главного распорядителя бюджетных средств и бюджетополучателя, также принимает непосредственное участие в разработке проекта закона о бюджете столицы на очередной финансовый год. Помимо этого, в перечень основных функций префектуры входят разработка и утверждение инвестиционных программ, разнообразных целевых программ, направленных на решение городских проблем.
Префектом Юго-Восточного округа с 1991 года является Владимир Зотов.
