Владимир Борисович Зотов родился 26 октября 1946 года в селе Ново-Михайловском (Краснодарский край). Окончил Новочеркасский политехнический институт, аспирантуру Московского автомобильно-дорожного института (МАДИ), обучался в Академии народного хозяйства Совета Министров СССР.
С 1979 года работал на предприятиях Главмосгортранса. В 1991 году был назначен префектом Юго-Восточного округа. Одновременно Зотов заведует кафедрой государственного и муниципального управления в Государственном университете управления.
Зотов - кандидат технических наук, доктор экономических наук, профессор. Является автором более 200 научных работ, в том числе 12 монографий. Награжден орденами "За заслуги перед Отечеством" III и IV степеней, а также орденом "Знак Почета", различными медалями и премиями.
Женат, имеет сына.